Dalam pelaksanaan perkuliahan pada PS S2 Patologi Tumbuhan mengacu pada kalender akademik yang terdiri atas semester ganjil dan semester genap. Satu SKS perkuliahan terdiri dari kegiatan tatap muka 50 menit, kegiatan terstruktur 60 menit dan kegiatan mandiri 60 menit setiap minggu selama satu semester kerja. Jumlah tatap muka dalam satu semester setiap mata kuliah adalah 14 kali dalam bentuk ceramah, diskusi, dan presentasi. Mata kuliah yang ditawarkan kepada mahasiswa tiap semester meliputi:
- Semester 1: 4 SKS mata kuliah wajib program, 4 SKS mata kuliah wajib minat dan 5-13 SKS mata kuliah pilihan
- Semester 2: 3 SKS mata kuliah wajib program, 6 SKS mata kuliah wajib minat dan 2-12 SKS mata kuliah pilihan
- Semester 3-4: 12 SKS tesis
